2025年3月26日，研究院正式更名为“深圳先进光源研究院”。 新名称更加精准地聚焦于先进光源领域的核心使命，昭示着专业化、战略化的新征程。

2025年5月，先进光源预研场地相继完成验收并交付使用，科研团队有序入驻，各项核心技术攻关、样机研制工作同步展开，为深圳自由电子激光项目按计划推进提供了重要的空间保障。

2025年5月，中国科学院院士杨学明新当选为英国皇家学会外籍院士；8月，我院殷志斌副研究员获批国家自然科学基金青年科学基金项目（B类），实现我院在该类人才项目领域的突破。全年研究院共新增国家级人才1名，省部级人才2名，区级高层次人才9名。人才梯队建设持续完善，为科研创新提供坚实人才保障。

2025年7月24日，研究院联合团队成功实现百万赫兹重复频率电子束流贯通实验。这一里程碑成果，标志着团队已完全掌握产生高品质束流的核心关键技术。

2025年10月22日，深圳先进光源研究院入驻综合楼。标志着研究院正式入驻光明科学城大科学装置集群，迈入高质量发展新阶段。

2025年10月22日，深圳先进光源研究院第二届理事会第二次会议在研究院综合楼召开。各位理事围绕研究院发展积极建言献策，为研究院高质量发展贡献重要智慧。

2025年11月12日，研究院获批加挂“高校区域技术转移转化中心高端科学仪器深圳分中心”牌子；11月14日，深圳分中心携23项优质成果首次亮相第二十七届中国国际高新技术成果交易会；12月4日，深圳分中心在光明科学城论坛主论坛揭牌，并于12月16日在高校科技成果交易会上加挂“国家大学科技园”正式授牌，标志着该国家级科技创新平台基地进入实体化运营阶段，未来将全力推动高端科学仪器领域的成果转化与产业化应用。

12月4日-5日，研究院主办的大湾区科学仪器创新发展大会成功举办。大会旨在发挥大湾区优势，推动科学仪器技术创新和产业化应用，提升国产化替代水平和应用规模。